La Certosa di Calci sorge nel 1366/7 in mezzo alla Valgraziosa. Ospita da subito l’ordine dei monaci certosini, nato in Francia un paio di secoli prima.
Viene costruita per decisione dell’allora Arcivescovo di Pisa Francesco Maricotti e da subito iniziano i lavori di ampliamento, ristrutturazione, e decorazione, che proseguono ininterrottamente per molti anni. Nel secolo successivo alla sua edificazione, ad esempio, vengono aggiunti alla parte centrale la Chiesa, il portico, le mura, il refettorio, la foresteria, nuove celle, il campanile, gli orti e i giardini.
I lavori si fermano nel 1500 per riprendere all’inizio del 1600 e continuare fino al 1800. Di questo periodo sono i lavori per il nuovo chiostro grande, la fontana, il nuovo altare, gli affreschi, il pavimento della Chiesa, la nuova facciata della Chiesa, altre decorazioni, la piazza esterna, le stalle, il loggione, un nuovo cortile, le rimesse, la lavanderia e ancora altre celle.
Il 1800 sarà un secolo controverso per la storia della Certosa.
Dopo l’Unità d’Italia il governo sopprime l’Istituto religioso e il complesso diventa proprietà demaniale, dopo pochi anni è dichiarato monumento nazionale e passa sotto il Ministero della Pubblica Istruzione. I monaci certosini diventano i custodi del monumento. Negli ultimi decenni del secolo viene richiesta più volte (con esito negativo) sia da privati che da amministrazioni pubbliche, per essere trasformata in manicomio. Per un breve periodo viene usata come reparto di artiglieria e infine durante la prima guerra mondiale è trasformata in ospedale militare di riserva.
Alla fine della seconda guerra mondiale viene parzialmente restaurato il chiostro e riparata dai danni della guerra.
All’inizio degli anni settanta i certosini lasciano definitivamente la struttura.
Oggi una parte della Certosa è sotto la Sovrintendenza per i Beni Ambientali, Architettonici, Artistici e Storici di Pisa e l’altra parte, dal 1986, ospita il Museo di Storia Naturale dell’Università di Pisa, uno tra i musei più antichi del mondo.
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